Bạn đang tìm kiếm quy trình khai báo hải quan chi tiết từ A-Z mới nhất năm 2026? Dù là hàng xuất hay hàng nhập, bài viết dưới đây sẽ tóm gọn toàn bộ các bước từ chuẩn bị chứng từ, truyền tờ khai đến thông quan thực tế một cách dễ hiểu và chính xác nhất. Đọc ngay để tối ưu quy trình cho doanh nghiệp của bạn!
Quy trình khai báo hải quan gồm những bước nào?
Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ hải quan
Hồ sơ hải quan là nền tảng quyết định việc thông quan có thuận lợi hay không. Một bộ chứng từ đầy đủ và chính xác sẽ giúp bạn tránh được các rủi ro bị bác bỏ tờ khai hoặc yêu cầu tham vấn giá.
Tùy thuộc vào loại hình xuất nhập khẩu và tính chất hàng hóa, các chứng từ bắt buộc phải chuẩn bị bao gồm:
- Hóa đơn thương mại : Thể hiện rõ giá trị hàng hóa, điều kiện giao hàng (Incoterms).
- Phiếu đóng gói hàng hóa : Chi tiết về trọng lượng, quy cách đóng gói, số lượng kiện.
- Vận đơn : Chứng từ vận chuyển đường biển hoặc đường hàng không.
- Tờ khai trị giá (nếu có): Áp dụng cho các trường hợp đặc biệt cần khai báo trị giá.
- Chứng nhận xuất xứ : Rất quan trọng để doanh nghiệp được hưởng các mức thuế suất ưu đãi đặc biệt theo các hiệp định thương mại tự do (FTA) hiện hành.
- Giấy phép nhập khẩu/Kết quả kiểm tra chuyên ngành: Đối với hàng hóa thuộc danh mục quản lý đặc biệt (y tế, hóa chất, thực phẩm, thiết bị viễn thông…).
Bước 2: Khai báo thông tin trên hệ thống VNACCS/VCIS
Sau khi đã có đầy đủ bộ chứng từ, bước tiếp theo của quy trình khai báo hải quan là tiến hành nhập liệu thông tin lô hàng vào hệ thống thông quan điện tử VNACCS/VCIS, thông qua các phần mềm hải quan được cấp phép (như ECUS5-VNACCS).
- Lưu ý: Người khai cần đặc biệt cẩn trọng khi áp mã số hàng hóa (HS Code), xác định trị giá tính thuế và mã nước xuất xứ. Bất kỳ sự sai lệch nào giữa thông tin khai báo trực tuyến và chứng từ thực tế đều có thể dẫn đến việc hệ thống từ chối hoặc doanh nghiệp bị xử phạt hành chính.
- Hoàn thành: Sau khi kiểm tra kỹ, tiến hành truyền tờ khai chính thức lên hệ thống của Tổng cục Hải quan để chờ cấp số tờ khai.
Bước 3: Tiếp nhận và phân luồng tờ khai
Ngay sau khi tờ khai được truyền đi thành công, hệ thống tự động VNACCS/VCIS sẽ tiến hành xử lý dữ liệu, cấp số tờ khai và trả về kết quả phân luồng. Kết quả này quyết định mức độ kiểm tra của cơ quan hải quan đối với lô hàng của bạn theo 3 luồng:
- Luồng Xanh (Mã luồng 1): Lô hàng được hệ thống thông quan tự động. Doanh nghiệp chỉ cần nộp thuế và đến cảng để lấy hàng mà không cần kiểm tra thêm hồ sơ giấy hay hàng hóa.
- Luồng Vàng (Mã luồng 2): Cơ quan hải quan sẽ kiểm tra chi tiết bộ hồ sơ giấy hoặc hồ sơ điện tử của lô hàng. Nếu hồ sơ chuẩn chỉnh, không có nghi vấn, tờ khai sẽ được chuyển sang trạng thái thông quan.
- Luồng Đỏ (Mã luồng 3): Đây là mức độ kiểm tra cao nhất. Hải quan sẽ tiến hành kiểm tra chi tiết cả bộ hồ sơ giấy lẫn kiểm hóa thực tế hàng hóa tại cảng (bằng máy soi hoặc mở kiểm thủ công).
Bước 4: Nộp thuế và lệ phí hải quan
Để hoàn tất thủ tục để thông quan hàng hóa, doanh nghiệp có nghĩa vụ hoàn thành các khoản thuế và lệ phí liên quan đến lô hàng. Các loại thuế phổ biến bao gồm: Thuế nhập khẩu/xuất khẩu, Thuế giá trị gia tăng (VAT), Thuế tiêu thụ đặc biệt.
- Phương thức nộp: Doanh nghiệp thực hiện nộp tiền qua hệ thống nộp thuế điện tử 24/7 của hải quan hoặc qua các ngân hàng thương mại có liên kết phối hợp thu ngân sách nhà nước.
- Điều kiện thông quan: Chỉ khi hệ thống hải quan xác nhận tiền thuế đã vào tài khoản kho bạc, tờ khai (đối với luồng xanh) mới chính thức được thông quan, hoặc mới đủ điều kiện để đi tiếp các bước kiểm tra thực tế (đối với luồng vàng, luồng đỏ).
Bước 5: Kiểm tra hồ sơ và hàng hóa thực tế
Bước này áp dụng cụ thể cho các tờ khai bị phân vào Luồng Vàng hoặc Luồng Đỏ:
- Đối với Luồng Vàng: Hải quan viên sẽ rà soát tính hợp pháp, tính logic của các chứng từ bạn đã nộp trực tuyến so với quy định pháp luật. Nếu có nghi vấn về giá hoặc mã HS, doanh nghiệp có thể bị yêu cầu giải trình hoặc đưa vào danh sách tham vấn giá sau thông quan.
- Đối với Luồng Đỏ: Sau khi hồ sơ được duyệt, doanh nghiệp cần liên hệ đăng ký kiểm hóa tại cảng/kho. Hàng hóa sẽ được đưa qua máy soi chiếu hoặc được hải quan trực tiếp mở container để kiểm tra xem số lượng, chủng loại, nhãn mác có đúng như khai báo hay không.
Bước 6: Thông quan hàng hóa
Khi tất cả các khâu kiểm tra hồ sơ, kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có) đều hoàn thành và nghĩa vụ thuế đã được thực hiện đầy đủ, hải quan viên sẽ phê duyệt “Thông quan” trên hệ thống.
- Hệ thống sẽ trả về file “Tờ khai thông quan” có đóng dấu điện tử.
- Doanh nghiệp tiến hành in Mã vạch tờ khai hải quan (Phiếu xác nhận thông quan hàng hóa) để chuẩn bị cho khâu thanh lý cổng tại cảng/kho bãi.
Bước 7: Nhận hàng và lưu trữ hồ sơ
Lô hàng của bạn lúc này đã chính thức hợp pháp để lưu thông. Doanh nghiệp mang toàn bộ lệnh giao hàng (D/O), mã vạch đã in và các chứng từ bến cảng đến văn phòng giám sát tại cảng/kho để làm thủ tục thanh lý bãi, ký hải quan giám sát và cho xe vào nhận hàng về kho của mình.
- Nghĩa vụ lưu trữ: Sau khi nhận hàng, quy trình khai báo hải quan vẫn chưa dừng lại ở đó. Theo quy định pháp luật, doanh nghiệp bắt buộc phải lưu trữ toàn bộ hồ sơ hải quan (bản gốc và bản điện tử) trong thời hạn 5 năm. Cơ quan hải quan có quyền thực hiện kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp bất kỳ lúc nào trong khoảng thời gian này để đối chiếu tính chính xác của dữ liệu.
Đây chính là quy trình khai báo hải quan chi tiết bao gồm 7 bước bạn đọc có thể tham khảo.
Hồ sơ khai báo hải quan cần chuẩn bị
Hồ sơ đối với hàng nhập khẩu
- Tờ khai hải quan nhập khẩu (In từ phần mềm điện tử)
- Hóa đơn thương mại : 01 bản chụp
- Vận đơn: 01 bản chụp
- Phiếu đóng gói : 01 bản chụp
- Chứng nhận xuất xứ: Bản gốc hoặc bản điện tử (để hưởng thuế ưu đãi)
Hồ sơ đối với hàng xuất khẩu
- Tờ khai hải quan xuất khẩu
- Hóa đơn thương mại hoặc Phiếu xuất kho
- Phiếu đóng gói hàng hóa
- Hợp đồng thương mại : Để xuất trình khi có yêu cầu
- Thỏa thuận thuê tàu/vận chuyển
Những giấy tờ cần bổ sung trong trường hợp đặc biệt
- Giấy phép nhập khẩu/xuất khẩu: Đối với hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành.
- Giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành: Kết quả kiểm dịch thực vật/động vật, kiểm tra chất lượng, an toàn thực phẩm, hợp chuẩn hợp quy.
- Tờ khai trị giá: Khi hàng hóa thuộc diện nghi vấn về giá.
- Chứng từ chứng minh tổ chức, cá nhân đủ điều kiện nhập khẩu (đối với hàng mặt hàng đặc thù như hóa chất, phế liệu…).
Các hình thức khai báo hải quan hiện nay
Khai báo hải quan điện tử
- Hình thức: Doanh nghiệp sử dụng phần mềm (như ECUS5) và chữ ký số để truyền dữ liệu lên hệ thống VNACCS/VCIS.
- Ưu điểm: Nhanh chóng, tự động hóa cao, tiết kiệm thời gian và có thể khai báo mọi lúc mọi nơi.
- Áp dụng: Là hình thức bắt buộc đối với hầu hết các doanh nghiệp hiện nay.
Khai báo hải quan truyền thống
- Hình thức: Khai báo trực tiếp bằng văn bản/tờ khai giấy với cơ quan hải quan.
- Áp dụng: Hiện nay chỉ còn áp dụng cho một số đối tượng đặc thù như: Hành lý của người xuất nhập cảnh, hàng quà biếu tặng trong định mức, hàng hóa của cơ quan ngoại giao, hoặc khi hệ thống điện tử gặp sự cố kéo dài.
Dịch vụ khai thuê hải quan
- Hình thức: Doanh nghiệp ủy quyền cho các công ty Logistics/Đại lý hải quan chuyên nghiệp thay mặt mình thực hiện mọi thủ tục.
- Ưu điểm: Giảm thiểu rủi ro sai sót, giải quyết tranh chấp nhanh và tối ưu chi phí nhân sự cho doanh nghiệp chưa có kinh nghiệm.
Thời gian làm thủ tục khai báo hải quan bao lâu?
Theo quy định pháp luật hải quan hiện hành, thời gian tiếp nhận, đăng ký và kiểm tra hồ sơ được quy định như sau:
Kiểm tra hồ sơ giấy (Luồng Vàng): Không quá 02 giờ làm việc kể từ thời điểm cơ quan hải quan tiếp nhận đầy đủ hồ sơ.
Kiểm tra thực tế hàng hóa (Luồng Đỏ): Không quá 08 giờ làm việc kể từ thời điểm người khai hải quan xuất trình đầy đủ hàng hóa cho cơ quan hải quan.
Trường hợp lô hàng số lượng lớn, chủng loại phức tạp: Thời gian kiểm hóa có thể gia hạn nhưng không quá 02 ngày.
Kinh nghiệm giúp khai báo hải quan nhanh chóng
Để tránh các lỗi sai phổ biến khiến hàng hóa bị tắc nghẽn, bạn cần đặc biệt lưu ý ba điểm cốt lõi. Đầu tiên là lỗi đồng nhất dữ liệu, phải đảm bảo tên hàng, số lượng, trọng lượng và giá trị trên Invoice, Packing List, Bill luôn khớp nhau 100%. Thứ hai là lỗi áp sai mã HS (HS Code), cần tra cứu thật chính xác để tránh bị phạt tiền hoặc bị bác bỏ mức thuế ưu đãi. Cuối cùng là lỗi chậm kiểm tra chuyên ngành, bạn nên chủ động xin giấy phép và đăng ký kiểm tra trước khi hàng về bến cảng để không phát sinh chi phí lưu kho bãi.
Nếu bạn đang gặp khó khăn trong việc chuẩn bị chứng từ hoặc cần tối ưu thời gian thông quan, hãy để Chí Anh Logistics đồng hành cùng doanh nghiệp của bạn với dịch vụ khai báo hải quan trọn gói, chuyên nghiệp. Liên hệ ngay hotline: 0968 318 666 – 0949 289 111 để được đội ngũ của chúng tôi tư vấn và hỗ trợ
