Thủ tục khai báo hải quan điện tử: Hồ sơ, quy trình và chi phí cần biết

Sự ra đời của hệ thống thông quan điện tử (VNACCS/VCIS) đã mở ra một chương mới cho ngành logistics Việt Nam, cắt giảm tối đa thời gian và chi phí hành chính cho các bên tham gia xuất nhập khẩu.

Nhằm giúp các cá nhân và tổ chức có một lộ trình thông quan – khai báo hải quan điện tử suôn sẻ, bài viết dưới đây sẽ tổng hợp toàn bộ những thông tin cốt lõi không thể bỏ qua: Hồ sơ cần những gì? Quy trình ra sao? Chi phí cần biết?

Nội dung:

Khai báo hải quan điện tử là gì?

Khai báo hải quan điện tử là hình thức người khai hải quan sử dụng phần mềm trên máy tính để lập, truyền thông tin tờ khai và các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan qua mạng internet đến hệ thống tiếp nhận của cơ quan hải quan (hiện nay là hệ thống VNACCS/VCIS). Cơ quan hải quan sẽ thực hiện việc tiếp nhận, kiểm tra, phân luồng và trả kết quả thông quan cũng hoàn toàn thông qua hệ thống mạng này.

Xem thêm: Khai báo hải quan là gì?

Cơ sở pháp lý về khai báo hải quan điện tử tại Việt Nam

Thủ tục khai báo hải quan điện tử tại Việt Nam được điều chỉnh bởi các văn bản pháp luật hiện hành sau:

Luật Hải quan số 54/2014/QH13: Văn bản pháp lý cao nhất quy định về nguyên tắc, thủ tục và quản lý hải quan điện tử.
Nghị định số 08/2015/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 59/2018/NĐ-CP): Quy định chi tiết về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát, kiểm soát hải quan.
Thông tư số 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 39/2018/TT-BTC): Hướng dẫn chi tiết về hồ sơ, quy trình thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.

Đối tượng phải thực hiện khai báo hải quan điện tử

Theo quy định hiện hành, hầu hết các tổ chức, cá nhân có hoạt động xuất nhập khẩu đều phải thực hiện khai báo hải quan điện tử. Cụ thể bao gồm:

Doanh nghiệp xuất nhập khẩu: Các công ty thương mại, sản xuất, gia công, chế xuất có hoạt động mua bán hàng hóa với nước ngoài hoặc tại khu phi thuế quan.
Đại lý làm thủ tục hải quan: Các đơn vị được doanh nghiệp xuất nhập khẩu ủy quyền hợp pháp để đứng tên trên tờ khai và thực hiện thủ tục.
Cá nhân, tổ chức khác: Có hàng hóa xuất nhập khẩu không nhằm mục đích thương mại (trong một số trường hợp được quy định bắt buộc áp dụng hình thức điện tử).

Lưu ý: Một số trường hợp đặc biệt như hàng hóa của cá nhân cư trú mang theo khi xuất nhập cảnh, hàng cứu trợ khẩn cấp… vẫn có thể khai trên tờ khai giấy.

Đối tượng phải thực hiện khai báo hải quan điện tử

Lợi ích của khai báo hải quan điện tử

Tiết kiệm thời gian làm thủ tục

Tờ khai được gửi trực tiếp lên hệ thống VNACCS mà không cần nộp hồ sơ giấy nhiều lần.
Kết quả phân luồng được trả về nhanh, giúp doanh nghiệp chủ động kế hoạch giao hàng.

Giảm chi phí cho doanh nghiệp

Giảm chi phí in ấn, lưu trữ và chuyển phát chứng từ.
Hạn chế phát sinh chi phí do chậm thông quan hoặc phải khai sửa nhiều lần.

Hạn chế sai sót trong quá trình khai báo

Hệ thống tự động kiểm tra một số chỉ tiêu thông tin trước khi tiếp nhận.
Dễ dàng đối chiếu dữ liệu hàng hóa, mã HS, trị giá khai báo với hồ sơ liên quan.

Theo dõi trạng thái tờ khai nhanh chóng

Cập nhật ngay tình trạng tiếp nhận, phân luồng và thông quan trên hệ thống.
Kịp thời xử lý khi cơ quan hải quan yêu cầu bổ sung hoặc điều chỉnh hồ sơ.

Nâng cao hiệu quả quản lý xuất nhập khẩu

Toàn bộ dữ liệu tờ khai được lưu trữ điện tử, thuận tiện cho việc tra cứu.
Hỗ trợ tổng hợp thông tin xuất nhập khẩu phục vụ báo cáo và quyết toán sau này.

Tham khảo ngay: 5 phần mềm khai báo hải quan tốt nhất

Hồ sơ khai báo hải quan điện tử gồm những gì?

Hồ sơ khai báo hải quan điện tử gồm 7 mục chính:

Tờ khai hải quan: Chứng từ cốt lõi được lập trên phần mềm hải quan, chứa toàn bộ thông tin chi tiết về lô hàng và mức thuế phải nộp.
Hóa đơn thương mại: Chứng từ do người bán phát hành, thể hiện trị giá giao dịch của hàng hóa để làm căn cứ tính thuế.
Phiếu đóng gói hàng hóa: Bảng kê chi tiết quy cách đóng gói, trọng lượng, thể tích và số lượng kiện hàng thực tế.
Vận đơn: Chứng từ vận chuyển đường biển hoặc đường hàng không, chứng minh quyền sở hữu và hợp đồng vận tải của lô hàng.
Hợp đồng mua bán: Thỏa thuận pháp lý giữa hai bên về điều kiện giao hàng, thanh toán và thông số kỹ thuật của sản phẩm.
Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa: Chứng từ chứng minh nguồn gốc quốc gia của hàng hóa, dùng để xin hưởng thuế suất ưu đãi đặc biệt (FTA).
Các chứng từ khác theo quy định: Bao gồm giấy phép nhập khẩu, giấy chứng nhận kiểm tra chuyên ngành (kiểm dịch, chất lượng) tùy theo mã HS của mặt hàng.

Điều kiện để thực hiện khai báo hải quan điện tử

Có mã số thuế và đăng ký doanh nghiệp: Doanh nghiệp phải hoạt động hợp pháp và có mã số thuế còn trạng thái hoạt động trên hệ thống quản lý thuế quốc gia.
Có chữ ký số: Cần sở hữu chứng thư số (USB Token hoặc HSM) được kích hoạt tính năng khai báo hải quan để ký điện tử lên tờ khai.
Cài đặt phần mềm khai báo hải quan: Doanh nghiệp cần cài đặt phần mềm đầu cuối đạt chuẩn kết nối (như ECUS5-VNACCS) trên máy tính để thiết lập dữ liệu.
Đăng ký sử dụng hệ thống VNACCS/VCIS: Tài khoản chữ ký số phải được đăng ký thành công trên cổng thông tin Tổng cục Hải quan để kết nối trực tiếp với hệ thống VNACCS/VCIS.

Quy trình khai báo hải quan điện tử chi tiết

Chuẩn bị hồ sơ và chứng từ

Chuẩn bị đầy đủ các giấy tờ liên quan như hợp đồng, hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói, vận đơn và giấy phép (nếu có).
Kiểm tra thông tin hàng hóa để đảm bảo dữ liệu khai báo chính xác.

Khai báo thông tin trên phần mềm

Nhập các thông tin về người xuất nhập khẩu, hàng hóa, mã HS, trị giá, thuế suất trên phần mềm khai hải quan.
Đối chiếu dữ liệu trước khi gửi để hạn chế sai sót.

Truyền tờ khai lên hệ thống hải quan

Gửi tờ khai điện tử qua hệ thống hải quan để tiếp nhận và xử lý.
Theo dõi phản hồi từ hệ thống về tình trạng tờ khai.

Nhận kết quả phân luồng

Tờ khai được phân thành luồng xanh, vàng hoặc đỏ tùy theo mức độ kiểm tra.
Doanh nghiệp thực hiện các bước tiếp theo theo yêu cầu của từng luồng.

Sau khi doanh nghiệp truyền tờ khai lên hệ thống, cơ quan hải quan sẽ trả kết quả phân luồng để xác định mức độ kiểm tra.

– Với luồng xanh, tờ khai được chấp nhận thông quan nếu đã hoàn thành nghĩa vụ thuế và không có yêu cầu bổ sung.

– Với luồng vàng, doanh nghiệp cần xuất trình hoặc bổ sung hồ sơ, chứng từ để hải quan kiểm tra trước khi thông quan.

– Với luồng đỏ, hàng hóa sẽ được kiểm tra thực tế kết hợp với kiểm tra hồ sơ, sau khi đáp ứng đầy đủ yêu cầu mới được phép thông quan.

Hoàn thành thủ tục hải quan

Bổ sung chứng từ hoặc phối hợp kiểm tra hàng hóa nếu được yêu cầu.
Thực hiện nghĩa vụ thuế và các khoản phí liên quan.

Thông quan và nhận hàng

Sau khi được chấp nhận thông quan, doanh nghiệp thực hiện nhận hàng.
Hoàn tất các bước vận chuyển, lưu kho và cập nhật hồ sơ xuất nhập khẩu.

Quy trình khai báo hải quan điện tử chi tiết

Hướng dẫn khai báo hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS

Dưới đây là 5 bước chi tiết khai báo hải quan điện tử bạn có thể tham khảo và áp dụng:

Đăng nhập hệ thống

Doanh nghiệp tiến hành cắm USB Token (chữ ký số) vào máy tính, khởi động phần mềm khai báo hải quan (phổ biến nhất là ECUS5-VNACCS) và kiểm tra cấu hình kết nối. Tại giao diện hệ thống, bạn cần chọn đúng tài khoản đại diện, thiết lập thông số kết nối đến Tổng cục Hải quan để đảm bảo dữ liệu được truyền đi thông suốt và bảo mật.

Nhập thông tin tờ khai

Người khai tiến hành nhập liệu toàn bộ thông tin của lô hàng dựa trên bộ chứng từ xuất nhập khẩu. Các thông tin bắt buộc bao gồm: thông tin người mua/người bán, phương thức vận chuyển (đường biển, đường hàng không), mã địa điểm lưu kho, mã hiệu phương thức thanh toán, mã HS code, tên hàng chi tiết, số lượng, đơn giá và các loại thuế suất liên quan.

Kiểm tra dữ liệu

Sau khi hoàn thành việc nhập liệu, bạn nhấn nút “Ghi” để lưu lại dữ liệu tạm thời. Lúc này, hãy sử dụng tính năng “Kiểm tra lỗi” tích hợp sẵn trên phần mềm; hệ thống sẽ tự động quét và cảnh báo nếu có sự bất hợp lý về mặt logic (như sai mã định danh, thiếu thông tin bắt buộc, hoặc sai lệch giữa trọng lượng và số lượng kiện) để bạn kịp thời sửa đổi trước khi gửi đi.

Truyền tờ khai

Quy trình truyền tờ khai chính thức sẽ gồm 2 bước nhỏ:

Đầu tiên, bạn chọn lệnh “Khai trước thông tin tờ khai (IDA/EDA)” để gửi dữ liệu thô lên hệ thống VNACCS nhằm nhận lại số tờ khai và mức thuế dự toán từ cơ quan hải quan.
Sau khi kiểm tra lại toàn bộ thông tin phản hồi và thấy đã chính xác, bạn tiến hành bấm nút “Khai chính thức tờ khai (IDC/EDC)”, phần mềm sẽ yêu cầu nhập mã PIN chữ ký số để hoàn tất việc gửi tờ khai chính thức.

Theo dõi kết quả xử lý

Chờ hệ thống phản hồi kết quả phân luồng (Xanh, Vàng hoặc Đỏ) để thực hiện các bước thông quan hoặc kiểm tra chứng từ/hàng hóa tiếp theo.

Hướng dẫn khai báo hải quan điện tử trên hệ thống VNACCS

Những lưu ý khi khai báo hải quan điện tử

– Xác định đúng mã HS: Tra cứu chính xác mã HS của hàng hóa để áp đúng mức thuế suất và tránh bị xử phạt hành chính do khai sai mã định danh.

– Khai báo chính xác trị giá hàng hóa: Khai đúng giá trị giao dịch thực tế trên hóa đơn để không bị cơ quan hải quan nghi vấn và chuyển sang diện tham vấn giá.

– Chuẩn bị đầy đủ chứng từ: Luôn hoàn thiện sẵn bộ hồ sơ gốc (Invoice, Packing List, C/O…) để kịp thời đính kèm lên hệ thống khi tờ khai rơi vào luồng Vàng hoặc Đỏ.

– Theo dõi thời hạn khai báo: Cần truyền tờ khai đúng thời hạn quy định (trong vòng 30 ngày kể từ ngày hàng đến cửa khẩu) để tránh phát sinh chi phí phạt quá hạn.

– Cập nhật quy định mới về hải quan: Thường xuyên theo dõi các Thông tư, Nghị định mới ban hành để chủ động áp dụng đúng chính sách mặt hàng và các ưu đãi thuế hiện hành.

Những lưu ý khi khai báo hải quan điện tử

Các lỗi thường gặp khi khai báo hải quan điện tử

– Sai mã HS: Áp sai mã phân loại hàng hóa dẫn đến tính sai tiền thuế, khiến doanh nghiệp bị phạt tiền và kéo dài thời gian thông quan.

– Sai thông tin doanh nghiệp: Gõ nhầm mã số thuế, tên công ty hoặc địa chỉ trên phần mềm, buộc phải làm thủ tục hủy tờ khai hoặc xin sửa đổi bổ sung phức tạp.

– Sai trị giá hàng hóa: Khai sai đơn giá, tổng trị giá hóa đơn hoặc nhầm lẫn giữa các đồng tiền thanh toán (USD, EUR, VND), dẫn đến việc hệ thống tính sai số thuế phải nộp.

– Thiếu chứng từ: Không chuẩn bị kịp các giấy tờ bắt buộc như giấy phép nhập khẩu, kết quả kiểm tra chuyên ngành, khiến hàng hóa bị kẹt lại cảng.

– Lỗi truyền tờ khai: Hệ thống VNACCS bị nghẽn, chữ ký số hết hạn hoặc lỗi phần mềm đầu cuối làm gián đoạn quá trình gửi và nhận kết quả phân luồng.

Các lỗi thường gặp khi khai báo hải quan điện tử

Chi phí khai báo hải quan điện tử

Lệ phí hải quan

Đây là khoản phí bắt buộc nộp cho nhà nước khi làm thủ tục hải quan, hiện nay quy định chung là 20.000 VNĐ/tờ khai đối với các thủ tục đăng ký, kiểm tra và giám sát hải quan.

Chi phí phần mềm

Doanh nghiệp cần trả phí mua bản quyền phần mềm khai báo hải quan đầu cuối (như ECUS5-VNACCS), dao động khoảng 1.000.000 – 2.000.000 VNĐ/năm tùy theo số lượng máy tính sử dụng và gói dịch vụ.

Chi phí chữ ký số

Phí mua mới hoặc gia hạn chứng thư số (USB Token hoặc HSM) chuyên dụng cho hải quan từ các nhà mạng (VNPT, Viettel, FPT…), khoảng 1.000.000 – 3.000.000 VNĐ tùy vào thời hạn 1 năm đến 3 năm.

Chi phí dịch vụ khai báo thuê

Nếu không tự khai, doanh nghiệp có thể thuê các công ty dịch vụ logistics hoặc đại lý hải quan thực hiện, chi phí dịch vụ dao động từ 500.000 – 1.500.000 VNĐ/tờ khai tùy thuộc vào loại hình hàng hóa và độ phức tạp của lô hàng.

Có nên sử dụng dịch vụ khai báo hải quan điện tử?

Nên tự thực hiện nếu: Doanh nghiệp của bạn có lượng hàng hóa xuất nhập khẩu đều đặn, chủng loại mặt hàng đồng nhất, ít thay đổi và sở hữu đội ngũ nhân sự cứng về nghiệp vụ xuất nhập khẩu để tối ưu hóa chi phí vận hành lâu dài.

Nên thuê dịch vụ khai báo hải quan nếu: Bạn là doanh nghiệp mới, tần suất hàng về ít, hoặc mặt hàng nhập khẩu thuộc diện khó (phải kiểm tra chuyên ngành, xin giấy phép phức tạp). Việc thuê dịch vụ ngoài giúp hạn chế rủi ro sai sót pháp lý, tiết kiệm thời gian và tránh việc hàng hóa bị kẹt tại cảng làm phát sinh chi phí lưu kho bãi.

Tóm lại có thể thấy, khai báo hải quan điện tử là một quy trình đòi hỏi sự chính xác tuyệt đối và am hiểu sâu sắc về luật pháp xuất nhập khẩu để tránh những rủi ro đáng tiếc về chi phí cũng như thời gian.

Nếu doanh nghiệp của bạn đang gặp khó khăn trong khâu chuẩn bị chứng từ hoặc muốn tối ưu hóa chuỗi cung ứng của mình, hãy để các chuyên gia đồng hành cùng bạn.

Chí Anh Logistics tự hào là đơn vị uy tín hàng đầu chuyên cung cấp giải pháp order hộ, thanh toán hộ và dịch vụ khai báo hải quan trọn gói. Chúng tôi luôn sẵn sàng đơn giản hóa mọi quy trình phức tạp, bảo vệ dòng chảy hàng hóa của bạn luôn thông suốt với mức chi phí cạnh tranh nhất thị trường.